Walaupun bergerak di bawah cita-cita politik dan objektif ideologi Hamas, briged ini mempunyai kebebasan yang tinggi dalam membuat sebarang keputusan.

Identiti dan jawatan para pejuang dalam gerakan ini kebiasaannya dirahsiakan sehingga kematian mereka. Semasa bertempur dengan pasukan tentera Zionis, semua pejuang memakai penutup kepala berwarna hitam di mana headband kumpulan tersebut diikat. Jumlah ahli briged ini hanya diketahui oleh oleh kepimpinannya yang mengaplikasikan prinsip kerahsiaan dalam organisasi dan proses rekrut. Setelah mana-mana ahli briged gugur syahid semasa bertempur dengan tentera Israel, barulah namanya disiarkan kepada orang awam. Kebiasaannya nama para syuhada ini disiarkan dalam laman web rasmi al-Qassam.

Organisasi briged ini terdiri daripada rangkaian sel khas yang beroperasi di seluruh Genting Gaza dan Tebing Barat. Setiap sel dalam rangkaian ini bergerak sendiri di bawah arahan kepimpinan briged. Rekrut-rekrut mesti memenuhi syarat-syarat yang ketat. Syarat-syarat tersebut adalah mempunyai akhlak dan alim dalam agama, berintegriti serta istiqamah atau konsisten dalam perjuangan di samping syarat fizikal dan pendidikan bagi melaksanakan tugas-tugas yang dipertanggungjawabkan. Oleh yang demikian, kebiasaannya ahli-ahli baru direkrut daripada pemuda yang rajin menghadiri solat Subuh berjemaah di masjid.

Dalam peristiwa Intifada Kedua yang meletus pada 2000, lebih 800 ahli yang gugur syahid.